Yami Yugi xuất hiện khi Yugi hoàn thành trò chơi ngàn năm, trở thành người bạn đồng hành dũng cảm giúp cậu bé vượt qua mọi thử thách. Từ cuộc đối đầu với Bakura, Yugi nhận ra Yami chính là nhân cách thứ hai của mình; và trên đảo Pegasus, sau khi đánh bại Pegasus, Yami khám phá sức mạnh tà ác của bảo vật, khát khao tìm về quá khứ. Với ba lá bài thần linh sau chiến thắng trước Yami Marik, Yami bắt đầu hành trình trở về 3000 năm trước, nơi cậu là Pharaoh Atem của Ai Cập cổ đại. Atem anh dũng chiến đấu chống lại The Thief Bakura, chứng kiến Shadi hy sinh trước Diabound, và đối mặt Akunadin – kẻ bán linh hồn cho bóng tối. Kalim ngã xuống đầu tiên, Shadi đỡ đòn chí mạng cho Atem rồi theo sau, nhưng Yugi và bạn bè kịp đến, tiết lộ tên thật của Atem. Hasan bị Zorc tiêu diệt, song Atem gọi tên mình, triệu hồi ba vị thần dung hợp thành Horakhty, ánh sáng chiến thắng bóng tối của Zorc. Quay về hoàng cung, Atem đấu với Seto bị Akunadin thao túng; Kisara, người yêu kiếp trước của Seto, tiêu diệt kẻ thù đen tối. Atem nhường ngôi cho Seto rồi rời khỏi thế giới ký ức. Trong trận chiến nghi thức cuối cùng, Yugi đấu với Atem và chấp nhận thua cuộc, để Atem ra đi về thế giới bên kia – một kết thúc đã được định sẵn, đầy xúc động và bi tráng.
2022
2025
